Trường hợp doanh nghiệp có chi nhánh phụ thuộc khác tỉnh có thu nhập được hưởng ưu đãi thuế TNDN thì khai thuế thu nhập doanh nghiệp tại nơi có chi nhánh phụ thuộc có thu nhập được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp.

Trong thời gian đang được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp nếu doanh nghiệp thực hiện nhiều hoạt động sản xuất, kinh doanh thì doanh nghiệp phải tính riêng thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp (bao gồm mức thuế suất ưu đãi, mức miễn thuế, giảm thuế) và thu nhập từ hoạt động kinh doanh không được hưởng ưu đãi thuế để kê khai nộp thuế riêng.

Trường hợp trong kỳ tính thuế, doanh nghiệp không tính riêng thu nhập từ hoạt động sản xuất kinh doanh được hưởng ưu đãi thuế và thu nhập từ hoạt động sản xuất kinh doanh không được hưởng ưu đãi thuế thì phần thu nhập của hoạt động sản xuất kinh doanh ưu đãi thuế xác định bằng (=) tổng thu nhập tính thuế nhân (x) với tỷ lệ phần trăm (%) doanh thu hoặc chi phí được trừ của hoạt động sản xuất kinh doanh ưu đãi thuế so với tổng doanh thu hoặc tổng chi phí được trừ của doanh nghiệp trong kỳ tính thuế.

Trường hợp có khoản doanh thu hoặc chi phí được trừ không thể hạch toán riêng được thì khoản doanh thu hoặc chi phí được trừ đó xác định theo tỷ lệ giữa doanh thu hoặc chi phí được trừ của hoạt động sản xuất, kinh doanh hưởng ưu đãi thuế trên tổng doanh thu hoặc chi phí được trừ của doanh nghiệp.